(Tot atunci i-a conferit localității statutul de oraș). Noul proprietar a inițiat ample lucrări de construcție, terminând și renovarea clădirii de aproape o sută de ani, pe atunci devenind Biserica Reformată. Martor al acestui lucru este placa de marmură așezată deasupra ușii din Biserică, pe care se poate citi inscripția: „Hic iter est, veniant sitientes bibere, lymhos, post quas non ultra concutit atra sitis. A.D. 1629”. La data de 14 decembrie 1664, Ana de Bornemissza, soția domnitorului Mihail Apafi, s-a mutat în castelul de la Blaj. La 27 octombrie 1687, în incinta castelului s-a încheiat Tratatul de la Blaj, dintre Imperiul Habsburgic și Principatul autonom al Transilvaniei, prin care Transilvania intra sub stăpânire habsburgică. Împăratul a fost reprezentat de ducele Carol de Lorena, iar Transilvania de către cancelarul Mihály Teleki (Mihail Teleki); în anul 1737, Carol al III-lea donează domeniul de la Blaj, Bisericii Greco-Catolice, iar în anul următor episcopul Inocențiu Micu Klein își mută rezindența în această clădire. De atunci castelul a mai suferit transformări mai mici sau mai mari; În anul 1842 s-a extins aripa de nord.